El Parque se reparte entre cuatro comarcas: la Alta Ribagorça, el Pallars Sobirà, el Pallars Jussà y la Val d'Aran. La parte más occidental corresponde al sector de Aigüestortes que tiene el acceso natural por La Vall de Boí, por dos entradas diferentes: una por la ribera de Sant Nicolau, donde encontraremos paisajes hechizadores como el estanco de Llebreta, el llano de Aigüestortes o el estanco Llong; y la otra, por la ribera de Caldes, donde podremos disfrutar de la belleza del estanco Negre, las agujas del Travessani o el macizo de Besiberri, donde está el pico dominante del Parque Nacional: el Comaloforno (3.033 m.).

Los límites del Parque Nacional por los cuatro puntos cardinales son los collados y las crestas de las montañas que separan los Valles de los términos municipales vecinos, con cimas que llegan a altitudes cercanas a los 3.000 metros.

En el Parque Nacional encontramos una magnífica representación de la cordillera axial Pirenaica. Es una de las mejores áreas geográficas para observar la fenomenología glacial del cuaternario, desarrollada sobre materiales duros como el granito y la pizarra. En la actualidad el agua es la principal protagonista de este espacio natural protegido. Más de 200 lagos y numerosos ríos, barrancos, cascadas y marjales, forman uno de los paisajes más atractivos de los Pirineos.

Formación
Su naturaleza calcárea ha creado cimas y cuevas con extensos lagos subterráneos. Está formado por calizas, margas y dolomías. La estratificación de los materiales, plegamientos y encabalgamientos, resulta espectacular cuando se observa desde el mar. Acantilados, calas, cabos, playas de arena, de cantos rodados y cuevas litorales de gran belleza, como Sa Cova Blava, una cavidad marina que ofrece un enigmático espectáculo natural de luz y color. Los acantilados más impactantes están en Na Picamosques (172 m.), en el cabo Ventós (120 m.) y en Punta Anciola (99 m.).

Flora
Los sabinares de la isla dels Conills pueden ser lo más parecido a lo que debió ser la vegetación primigenia del archipiélago. Hoy es la maquia o garriga de acebuche, espesa y con plantas resistentes a los lugares secos, la que impera. Poblaciones de lentisco, sabinas, olivillas, aladiernos, lechetreznas y el endémico llampúdol bord son las más numerosas entre las 450 especies catalogadas.

Fauna
Existen distintas variedades de aves, aunque las más interesantes para ornitólogos y aficionados son las marinas, terrestres, nidificantes y migratorias. Aquí se encuentran las colonias más diversas del Mediterráneo occidental, como el cormorán moñudo, pardela cenicienta, pardela pichoneta o la gaviota Audouin y la gaviota común. El halcón Eleonor (con una importante colonia que aumenta cada año), el alcaraván, el roquero solitario y la curruca sarda de garriga son los más destacables. Es punto estratégico para muchas aves durante la migración, hasta 130 especies diferentes, según se sabe. Además, el archipiélago de Cabrera es el hábitat del 80% de la población mundial de 10 subespecies endémicas de lagartija de las Illes Balears.